具有大規模毀滅能力，來自異世界的巨大怪獸，以及人類為了消滅牠們而打造，由人類駕駛的超巨型機器人之間曾經展開一場在全世界各地進行中，人類與來自異世界怪獸的殊死戰；人類為了消滅打造了由人類駕駛的超巨型機械人。但那只是另一場規模更大的戰爭的序幕，在《悍戰太平洋2：起義時空》中，怪獸軍團將大舉進攻，向全人類展開一場全面性的終極大戰。

約翰保也加在片中飾演的叛逆青年，曾經是一名極具潛力的機械人駕駛員，他傳奇性的父親為了讓人類贏得勝利，在一場和怪獸之間進行的激烈戰鬥中不幸壯烈犧牲，他也因此放棄了訓練，被捲入充滿犯罪份子的地下世界。但是當一隊數量更多、更殘暴、更具毀滅性的怪獸軍團入侵，開始攻擊全世界的各大城市，並且試圖逼全人類向牠們臣服之際，與他關係疏離的姐姐（菊地凜子 飾演）正在率領一支新世代的機械人駕駛員準備迎戰，他們全都是在戰爭陰影下長大的青年，她給了弟弟最後一次機會，讓他得以延續他父親的遺志。這些英勇的戰士想要為壯烈犧牲的上一代機械人駕駛員報仇雪恨，而他們獲得勝利唯一的希望則是在這個全人類的起義時刻團結一致，擊敗企圖滅絕人類的怪獸軍團。